Universitas Jayabaya (UJ) didirikan oleh Yayasan Jayabaya sebagai badan hukum yang bertujuan menyelenggarakan pendidikan tinggi. Berdiri di Jakarta pada 5 Oktober 1958, pendirian Universitas Jayabaya dicatat secara resmi melalui Akta Notaris Liem Toeng Kie Nomor 165 tanggal 29 Juni 1961, kemudian diperbarui dengan Akta Notaris Mohamad Said Tadjoedin Nomor 221 tanggal 17 Agustus 1983, dan terakhir diperbarui melalui Akta Notaris Nomor 5 tanggal 26 Juli 2024.
Yayasan Jayabaya didirikan oleh Moeslim Taher dan Ny. Yuyun Moeslim Taher. Pada awal berdirinya, Universitas Jayabaya memiliki satu fakultas, yaitu Fakultas Sosial dan Ilmu Politik, serta dua akademi, yaitu Akademi Ajun Akuntan dan Akademi Kepemimpinan Niaga, dengan total 11 mahasiswa, sebagaimana tercatat dalam surat keterangan terdaftar Kepala Biro Perguruan Tinggi Swasta St. Muh Sa’id pada 4 Desember 1963. Rektor pertama Universitas Jayabaya adalah Prof. Mr. AA Hakim, yang juga menjabat sebagai Dekan Fakultas Hukum. Pada tahun akademik 1961/1962, kepemimpinan universitas diserahkan kepada Prof. Dr. H. Moeslim Taher, SH., yang menjabat sebagai Rektor kedua hingga tahun 1988. Selanjutnya, kepemimpinan universitas diteruskan oleh Prof. Dr. H. Tb Achjani Atmakusuma (1989–1996), Ir. Syamsu Anwar, MS. (1996–2000), dan Prof. Dr. HR. Taufik Sri Soemantri Martosoewignyo, SH. (2000). Sejak September 2008, Universitas Jayabaya dipimpin oleh Prof. H. Amir Santoso, M.Soc.Sc., Ph.D., hingga pada 3 Mei 2024, posisi Rektor diemban oleh Prof. Dr. H. Fauzie Yusuf Hasibuan, SH., M.Hum.
Saat ini, Universitas Jayabaya menyelenggarakan satu Program Pascasarjana dengan lima program studi, yaitu Magister Manajemen (MM), Magister Komunikasi (MIKOM), Magister Hukum (MH), Magister Kenotariatan (MKN), dan Program Doktor Ilmu Hukum (PDIH). Selain itu, universitas memiliki delapan fakultas yang menyelenggarakan 13 program studi sarjana, meliputi Sistem Informasi (SI), Hukum, Manajemen, Akuntansi, Hubungan Internasional (HI), Administrasi Negara (AN), Komunikasi, Psikologi, Teknik Mesin, Teknik Elektro, Teknik Kimia, Teknik Sipil, dan Arsitektur.
Universitas Jayabaya memiliki Rencana Induk Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat Tahun 2024-2028 dengan peta jalan (Road Map) sesuai dengan bidang unggulan. Memiliki indikator kinerja tambahan (IKT) untuk kegiatan penelitian yang mengacu kepada SDG’s dan melibatkan mahasiswa kedalam kegiatan penelitian. Universitas memiliki kebijakan terkait dengan insentif publikasi dosen yang ditetapkan melalui SK Rektor No 112 TAHUN 2024 dan SK Rektor No 118 Tahun 2024 tentang Insentif Penelitian Dan Pengabdian Kepada Masyarakat serta insentif publikasi Bagi Dosen Tetap di Lingkungan Universitas Jayabaya. Universitas Jayabaya memiliki kebijakan untuk mengevaluasi proposal sesuai dengan peta jalan untuk perbaikan berkesinambungan sesuai dengan SK Rektor No 119 Tahun 2024 tentang Pedoman Penelitan Dan Pengabdian Kepada Masyarakat Bagi Dosen Tetap di Lingkungan Universitas Jayabaya. Kinerja bidang penelitian di Universitas Jayabaya telah memenuhi standar mutu yang telah ditetapkan oleh SN-Dikti dan Rencana Strategis Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat Tahun 2024-2028.
